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Pubblicazioni
Annali ed Eleusis
Dal 1985 il Museo pubblica gli Annali come rivista periodica, e dal 2003 cura l'edizione della rivista scientifica indipendente Eleusis, fondata nel 1995.
EcoNews
Nel 1998 nasce Econews, il foglio informativo quadrimestrale che documenta tutte le iniziative e le attività che si svolgono al Museo.
Atti Workshop Geofisica
Dal 2004 il Museo organizza annualmente il Workshop in Geofisica, di cui vengono pubblicati gli Atti.
Monografie
Il Museo pubblica dal 1855 con cadenza regolare monografie di grande rilievo, che diffondono i risultati delle ricerche scientifiche promosse nell'ambito delle varie sezioni.